治疗细菌和治疗真菌的抗生素是完全不同的，妇科最常用的治疗细菌的抗生素是甲硝唑，其对真菌无效，而作为正常菌群存在的乳杆菌也对甲硝唑天然耐药，所以对于厌氧菌引起的阴道炎或阴道病，甲硝唑是首选药物。其他各类抗生素如果需要用于阴道炎，一般需要进行仔细的评估并明确使用目的。常用的治疗阴道真菌感染的药物是大扶康和斯皮仁诺，当然其他抗真菌药物也可以选择使用，这些药物通常对普通细菌无效。