因为GERD的危害性，一旦发现应当及时就医，在医生的指导下选择正确的治疗方案，并在治疗中定期随访，根据疗效调整治疗方案。
　　质子泵抑制剂（PPI）是治疗GERD的首选，安全高效，可以快速缓解症状，促进被破坏粘膜的愈合。其缺点是无法从根本上去除疾病，因此停药后症状容易复发，必须长期用药，而且部分患者药物治疗效果不明显。另外，若患者出现咳嗽、哮喘等食管外症状，药物治疗效果有限。
　　以胃底折叠术为代表的手术治疗，其短期效果与PPI相同，而长期来看，因其可以从根本上解决反流，较药物治疗更佳。以往的手术需要腹部大切口，往往令患者恐惧而无法接受。
　　随着腹腔镜技术的发展，目前该手术可以在腹腔镜下完成，腹部只有4-5个小切口，与大家熟知的腹腔镜胆囊切除术类似，手术恢复快，痛苦小。目前手术治疗GERD在西方国家非常流行，在美国，该手术的开展例数仅次于腹腔镜胆囊切除术，是治疗该疾病的金标准术式。