该病症状多种多样，常与很多消化道、呼吸道和耳鼻喉疾病混淆，不仅患者而且医生也容易忽视GERD的可能，而导致误诊误治。根据疾病的不同发展阶段，大致会出现以下症状。
　　胃食管期：
　　该期反流造成的病变主要在食管，最常见的症状是烧心和反酸。烧心是指患者感觉胸前区和心窝处有一股灼热感。反酸是指在没有恶心、呕吐等情况下，患者感觉一股酸水从腹部反流上来到口腔。另外有些患者还会有胸痛、胸闷、消化不良等症状。
　　咽期：
　　当反流加重后，食管上段和咽部出现病变，患者会出现类似急慢性咽炎的症状，最典型的是不明原因的慢性咳嗽，一般是干咳，患者往往在呼吸科或耳鼻喉科反复治疗但无明显好转，而有些患者出现反复夜间咳嗽，影响休息。另外患者可能还会有咽部刺痒、异物感、咽痛等不适。
　　口鼻腔期：
　　当反流进一步加重后，口腔、鼻腔和中耳粘膜就会出现病变，患者会出现流清鼻涕、打喷嚏、鼻塞、耳鸣等症状，甚至导致中耳炎。

　　喉气管期：

       当反流物进入气管，就会引起咳嗽、咳痰、气急、憋气等症状，有很多患者的症状非常类似哮喘发作，但是在呼吸科接受哮喘的治疗却效果不佳。疾病发展到此期，已经比较严重，会导致患者生活质量明显下降，甚至会发生喉痉挛而导致生命危险。