药物治疗主要针对青春期前和青春期的青少年，成年人药物治疗效果差，推荐手术治疗。
　　根据阴茎短小病因，早期进行针对性的内分泌治疗是第一选择。
　　1、对于脑垂体功能异常的患儿，用hCG500U，肌肉注射，每5天一次，共3个月。
　　2、对于下丘脑功能异常的患儿，用LHRH等促性腺激素释放激素直接替代。
　　3、对于睾丸分泌不足的患儿，直接用睾酮替代治疗。
　　4、对于Klinefelter综合征患者，雄激素不敏感，无男性青春期特征，却具有乳房女性化体征，加之性欲极度低下，若患者本人强烈要求，可以考虑变性手术。
　　5、对于内分泌治疗无效，成年后阴茎发育差，而且影响性生活时，可以考虑阴茎延长术。