有研究认为，淋病与男性不育最为相关。发生机制包括生殖器官病变和生殖道病变，如淋病引起的睾丸炎和附睾炎，或者淋病引起的男性尿道炎、精囊腺炎、输精管炎、前列腺炎及晚期发生的尿道狭窄等所引起的生殖道狭窄和闭锁均可继发不育症。而女性淋病的主要并发症为淋菌性盆腔炎，其中输卵管的慢性炎症可引起输卵管粘连、堵塞、积液等，常造成不育或宫外孕。淋球菌感染次数越多，不育不育的发病率越高。此外，淋病还可以危及下一代。如果孕妇感染了淋病，少数可引起羊膜腔内感染或产后败血症等，胎儿在子宫内可发生感染或发育受损，导致早产、死产或新生儿败血症、新生儿淋菌性结膜炎等。