唇腭裂治疗效果取决于治疗时间和方法的选择，即能否在适当的时期选择合适的方法。专业而精细的治疗对患者的外观、语音恢复、改善颜面的发育及心理社会适应均有极大影响。唇腭裂的手术治疗主要包括唇裂修复术、腭裂修复术和牙槽突裂植骨术、鼻唇畸形整复术等。有条件的还应当进行牙齿正畸的治疗、正颌手术及美容外科手术，以达到更完美的效果。
　　患儿出生后应当尽快去看口腔颌面外科医生或整形外科医生。医生会根据裂隙的具体情况为患儿制定比较具体的治疗计划。如果没有条件去看医生，可以参考下列治疗时间表。
　　初次手术前正畸治疗：适用于比较严重的完全性唇裂及牙槽突裂。应用鼻-牙槽矫治器不但可以将突出的牙槽骨向下后方移位，缩小裂隙，同时还可以纠正扁平的鼻孔，为下一步的手术效果创造有利条件。
　　生后3个月：进行单侧唇裂修复术。
　　生后6个月：进行双侧唇裂修复术。
　　生后8-18个月：进行腭裂修复术。严重的双侧完全性腭裂可以推迟到一岁半或更晚。
　　3-4岁：可以进行语音训练。上颌骨发育不良的患儿可以进行正畸干预治疗。
　　4-5岁：进行咽成形术或腭裂再次修复术。
　　5-6岁：进行唇鼻畸形再次修复术，可以进行心理辅导。
　　9-11岁：进行牙槽突裂植骨术。
　　13-16岁：进行比较严重的唇裂鼻畸形矫正术。
　　16-18岁：进行颌骨畸形（例如大下巴）的正畸-正颌外科治疗
　　18岁以后：进行美容外科治疗，将鼻、唇、眼及面部形态调整到协调的美学效果。
　　唇裂患儿出生后，患儿父母承受着巨大的心理压力，多急于早日手术修复。部分医疗单位开展了生后即刻修复的治疗项目，但是由于患儿唇部解剖标志点尚不明晰，难以达到比较理想的修复效果。基于孩子的营养发育、身体对手术的承受能力，手术精细操作的把握性，以及手术对孩子颜面部发育的影响等综合考虑，多数情况下还需要等到3-6个月，患儿达到体重6-7公斤，血红蛋白不低于10gM100ml等条件后进行手术比较安全可靠。