如果生酮饮食对发作控制和认知改善无效，应逐渐降低生酮饮食的比例，所有摄入食物中的脂肪/（蛋白质+碳水化合物）比例由4：1至3：1至2：1，直到酮症消失。如果有效，可维持生酮饮食2－3年。对于葡萄糖载体缺乏症、丙酮酸脱氢酶缺乏症和结节性硬化的患者应延长治疗时间。对于发作完全控制的患者，80 ％的人在停止生酮饮食后仍可保持无发作。

　　如果治疗有效但出现下列情况也需终止治疗：出现胃肠不适，尤其是急性胰腺炎时，要马上终止；出现高甘油三脂血症，数值>11.3mmol/L时，要及时调整生酮饮食配方，从4:1―3:1―2:1的顺序调整。若数值仍居高不下，应停止生酮饮食；出现低蛋白血症时，在比例不变的前提下，调整蛋白质供给，即增加蛋白质摄入，进一步减少碳水化合物摄入；出现持续的代谢性酸中毒，以及心肌病、心肌收缩功能下降时，要停止生酮饮食。