经过阴道分娩的新生儿暴露于母体菌群和环境中的细菌，有利于肠道健康菌群的建立(以双歧杆菌为优势)，使肠道屏障功能成熟，减少过敏的机会;而剖宫产是无菌的，这样婴儿肠道菌群的定植延迟，影响新生儿肠道微生态系统的发育，从而影响婴儿早期免疫系统的发育，增加患感染性疾病和过敏的风险。

　　临床研究显示自然分娩儿与剖宫产儿肠道双歧杆菌定植是不同的，剖宫产儿双歧杆菌定植迟于自然分娩儿，这种状况甚至可延续至婴儿出生后6个月。剖宫产分娩的儿童在一岁以后发生哮喘、花粉热、过敏、呼吸道感染性疾病的风险增加，特别是母亲有过敏史剖宫产的儿童在1-2岁时对食物过敏的风险大大增加，到成年时哮喘的发病率也明显增加。