前列腺液培养发现致病病原体是选择抗菌药物治疗的依据。非细菌性前列腺炎患者若有细菌感染征象，经一般疗法治疗无效，亦可适当采用抗菌药物治疗。抗菌药物的选择需注意前列腺腺泡与微循环间存在由类脂膜构成的前列腺-血屏障，妨碍了水溶性抗生素通过，大大降低了治疗效果。当有前列腺结石存在时，结石可成为细菌的庇护体。上述诸因素构成了慢性细菌性前列腺炎治疗上的困难，需要较长的疗程，且容易复发。
　　长期应用抗生素若诱发严重副反应，如假膜性肠炎、腹泻，肠道耐药菌株滋长等，需更换治疗方案。非细菌性前列腺炎是否适宜使用抗菌药物治疗，临床上仍有争论。“无菌性”前列腺炎患者也可使用对细菌和支原体有效的药物，如喹诺酮类药物，四环素、喹诺酮类药物并用或间隔使用。如果抗生素治疗无效，确认为无菌性前列腺炎者，则停用抗生素治疗。
　　I型主要是广谱抗生素，对症治疗和支持治疗。Ⅱ型推荐以口服抗生素为主，选择敏感性药物，疗程为4-6周，期间应对患者进行疗效阶段性评价。Ⅲ型可先口服抗生素2～4周，再评估疗效。同时辅以非甾体抗炎药，α-受体拮抗剂、中药制剂等改善排尿症状和疼痛。IV型无需治疗。
　　中成药、中草药的抗感染治疗，治疗前列腺炎过程中，在临床上应用广泛。I型、Ⅱ型前列腺炎在抗生素、对症治疗同时，辨证应用清热解毒利湿中药；Ⅲ型（ⅢAⅢB型）前列腺炎辨证使用清热利尿通淋、活血化瘀止痛中药，疗效肯定。