患有感染性心内膜炎者，如果瓣膜上存在赘生物、瓣膜穿孔、撕裂或有脓腔，均应进行手术治疗，以防赘生物脱落引起脑、肾、脾栓塞及治疗瓣膜病变引起的功能不全。心外科手术宜在感染性心内膜炎采用大剂量强效抗生素控制感染4～6周后再手术，以免引起手术感染，以及组织水肿、脆弱而发生致命的危险。
　　但对于药物不能控制的感染性心内膜炎，出现严重的心功能障碍，需要急诊手术时，可以在使用强效抗生素的情况下，急诊手术驱除感染灶、置换人工瓣膜及清除脓腔改善心功能后，再进一步加强抗感染治疗。应向患者和家属交代，感染未控制时手术的风险非常高，而不手术可能立即就有生命危险。