癌症是一种细胞疾病，细胞则是组织的基本构成单位。细胞通过接受已编码的指令来产生新的细胞并控制细胞的状态。这些指令就被称为基因。基因发生变化，正常的食管细胞就变为癌细胞，这就是就所谓的基因突变。但这远不能完全解释基因突变和癌细胞是如何以及为何发生的。还有待进一步探查。食管癌最常发生于鳞状细胞和腺细胞。食管壁上皮层富含鳞状细胞。这些细胞突变导致的癌症称为鳞状细胞癌。发生于腺细胞的癌症就是所谓的腺癌。