对于直径小于6毫米的输尿管结石一般自行排出的概率约60-80％，因此对于初发的这类输尿管结石，可以采用药物排石治疗1-2个月后再复查超声或造影。
　　常用药物有金钱草冲剂，排石颗粒等药物；根据最新研究表明，可以加用一些输尿管平滑肌松弛药物，如可多华，哈乐等药物，有助于排石；多饮水，在无合并肾绞痛，血尿的情况可以多活动，比如跳绳之类的运动。
　　1-2个月后复查超声或拍片，如结石仍未排出，可以考虑体外冲击波碎石（输尿管上段结石的首选办法之一），或者输尿管镜下激光或气压弹道碎石（输尿管中、下段结石首选治疗方法，因输尿管中下段结石容易和骨盆重叠影响体外冲击波的碎石效果，顾采用输尿管镜的方法更有效）。
　　如果结石引起顽固肾绞痛，严重影响生活，且治疗效果不好的情况下，也可以尽快采用输尿管镜下碎石术。
　　对于直径7-15毫米的输尿管结石（上段结石可采用体外冲击波的办法，但结石越大，冲击波碎石效果越差。）中下段结石可以采用输尿管镜下碎石的方法。
　　对于上段的嵌顿结石（常表现为病程较长，如超过一个月以上停留在同一部位不动，常合并肾的中、重度积水），往往因结石停留反复刺激结石周围的输尿管粘膜，导致结石周围息肉增生和包裹，影响震波碎石的效果，此类结石也可采用输尿管镜下碎石。如术中发生输尿管结石上移到肾内，可以结合体外冲击波碎石的办法在肾内进一步碎石。经皮肾镜碎石也是一个良好的选择，处理输尿管上段嵌顿结石较彻底，基本可以一次把结石完全清除干净。
　　对于直径15毫米以上的输尿管中下段结石，可采用输尿管镜或开放取石的办法。
　　对于直径15毫米以上的输尿管上段结石因这类结石往往存在较长时间，常合并有肾脏中、重度积水，经皮肾镜取石术是一个较好的微创选择。