在我国70％的直肠癌和约相同比例绒毛状腺瘤位于直肠下段，且大肠早期癌中直肠癌占74％。而经肛门内镜显微手术的主要适应症正是距肛门4~20cm范围内的腺瘤或早期直肠癌，这就决定了TEM的开展在我国有着良好的应用前景。与传统经肛手术相比，TEM能达到直肠中上段和乙结肠下段，视野暴露清晰，组织结构辨认准确，切除精确；与经腹、经骶（Kraske）、经括约肌（York-Mason）手术相比，TEM并发症低（5％），住院时间短（5.5天）。
　　对于距肛门10cm以内的直肠肿瘤，可通过经肛手术切除。但对于10cm左右的直肠肿块，临床处理相当棘手，对于良性的病变如广基的息肉似乎得不偿失，对疑为癌变和早期直肠癌，既往需行经腹手术，由于位置的关系，吻合口漏等一类并发症发生率高，而TEM的手术范围理论上是距肛门4-18cm，实际上通过技术调整，可以达到20-25cm,覆盖了整个直肠甚至达到乙状结肠，这就解决了一个临床难题。
　　TEM主要适应症：
　　1、直肠腺瘤或复发性腺瘤,包括无蒂广基型和绒毛状腺瘤。一般瘤体最大径占据直肠3/ 4 周径以内。
　　2、T1 期低复发危险直肠癌(low risk rectal tumor) ,指肿瘤高、中度分化,瘤体小,活动度大的T1 期直肠癌,其淋巴结转移率为3 ％,已被普遍接受为TEM的适应证。
　　3、T2 期低复发危险直肠癌,合并有严重心脏病、慢性阻塞性肺病等常规根治手术风险较大或拒绝腹壁肠造口者,术后可辅以放疗。
　　4、任何高复发危险直肠癌(high risk rectal tumor) 和T3 期以上直肠癌,仅作为姑息性手术,术后须辅以放疗和(或) 化疗
　　5、继发于吻合术或肛瘘的直肠狭窄。
　　6、直肠脱垂。
　　7、另外一部分病人，如合并有严重心脏病、慢性阻塞性肺病等常规根治手术风险较大，不能耐受根治手术，TEM也是一种选择，术后再辅以行化疗。
　　8、对于一些超低位的，如距肛缘3-4cm的早期直肠癌，既往需行Miles手术，如患者坚决要求保肛，拒绝腹壁肠造口者,TEM行全层切除术后可辅以放化疗。
　　9、任何高复发危险直肠癌(high risk rectal tumor) 和T3 期以上直肠癌,仅作为姑息性手术,术后须辅以放疗和(或) 化疗其他一些方面：如直肠狭窄，直肠阴道漏修补等。