生殖器疱疹有其独特的临床表现，包括容易识别的成群小水疱、糜烂和溃疡，因此大多数医生认为生殖器疱疹极易诊断。但是生殖器疱疹的这些典型症状在临床上并不普遍。生殖器疱疹的每次发作可能完全没有症状，或者仅表现为红斑、微小裂隙、皮肤表皮剥脱、皮肤擦破、很轻的糜烂、硬结、毛囊炎或者瘙痒等。生殖器疱疹的发生部位也不一定局限于生殖器，可能出现在腰部以下的任何位置，包括臀部、下腰部、大腿和肛周等部位。生殖器疱疹可识别的症状只有20％，完全无症状者占20％，而未被识别症状者高达60％，因此本病在临床上漏诊和误诊的情况相当严重。