传统上肺结核外科治疗的目的是促进稳定的愈合，或者切除不可逆性损害的感染病灶（即久治未愈的空洞或厚壁脓腔）。手术指证经历了一个有趣的循环。在没有有效的化疗之前，绝对不能切开感染的组织，所以切除的适应症极为严格，手术切除极少。在第二阶段，人们认为在化疗的保护下，切开感染但仍有活力的组织是安全的，手术比较局限，形式多样。外科治疗逐渐普及。现阶段，长期随访结果表明对于切除的病变，化疗与手术切除效果一样或者更好。因此外科手术适应症已经很少，除非一些特殊情况，如病灶性质不明或者有需要外科治疗的并发症。
　　外科通常限于处理分支杆菌感染的并发症，包括大咯血（24小时失血超过6毫升）；支气管胸膜瘘；疑诊癌症；肺不张以及更常见的化疗耐药或久治不愈的感染。空洞本身并不属于外科适应症，除非伴有上述合并症之一。
　　外科手术的相对适应症有：
　　1、严重损害的支气管远端毁损肺或肺叶，以及反复出现结合或化脓性感染。
　　2、患有大小超过2-3cm的开放性净化空洞的年亲人
　　3、已证实非典型多种耐药性空洞，经肺叶切除可彻底将病变切除者
　　4、尽管没有肉眼空洞但已知的肺段或肺叶感染，反复痰菌阳性者
　　5、无症状的周围性结节，通常为结核瘤。文献记载，结核瘢痕基础上激发癌变的几率约10-20％左右，而且随着时间延长癌变几率有增大趋势，所以对于孤立性结核结节也主张手术切除
　　6、结核性脓胸有明确的手术适应症：无交通性支气管胸膜瘘的脓胸，行胸膜剥脱后下面健康或病变较轻的肺组织通常可以复张者；有明显的支气管胸膜瘘和毁损肺及继发性感染，如果对侧肺功能允许的话，经过一段时间的支持治疗，可行胸膜全肺切除或胸膜肺叶切除术