生殖器疱疹病毒（HSV）可以由男性阴茎上皮细胞排出, 正确使用安全套可以覆盖这些排毒区域，因此使用安全套可降低其性伴感染疱疹病毒的风险；而女性生殖器部位排毒区域更大, 其性伴感染疱疹病毒的机会会更多；另外，男女生殖器疱疹患者都可以存在多部位的排泌，所以，使用安全套并不一定能完全预防疱疹病毒感染，但可明显降低感染风险，它们在预防本病中的作用仍需要合适的评价。强调患者将病情告知其性伴，通过告知病情以取得性伴的谅解和合作，避免在复发前驱症状或皮损出现时发生性接触，以减少疱疹病毒传染给性伴的危险性。由于存在无症状感染传播病毒的危险性，鼓励在性行为中全程使用安全套并建议性伴侣进行检查。转变性行为方式，杜绝多个性伴是目前预防生殖器疱疹的根本措施。