先心病患儿的手术治疗时机需根据不同的病种及其严重程度来定。理论上讲先心病患儿年龄大于2岁，则其肺血管床均会发生器质性改变，应在此前手术。原则是：尽可能在幼年手术，尽早改善全身供血供氧，在继发解剖病变加重前手术纠正。
　　症状、病变较轻，对生长发育影响不大的先心病（如小的房间隔缺损、小的室间隔缺损）患儿，因其有自然愈合的可能（一般在2岁以内愈合，5岁以后愈合的可能性小），可暂不手术，但应每半年至一年随诊复查一次，以掌握肺动脉压变化情况及缺损愈合情况，确定是否手术及手术时机。
　　对一些症状明显（如反复呼吸道感染、肺炎、心功能不全）、病变较重（如完全性肺静脉异位引流、房室间隔缺损、大的室间隔缺损、大的动脉导管未闭、或复合畸形患儿）的病人，应及时手术；法乐四联症患儿需在2岁内（最好一岁以内）予以手术根治，长期缺血缺氧将影响其它器官的发育、加重继发畸形、影响手术远期疗效，而对于常出现缺氧发作的患儿则无年龄限制，应尽早手术；严重紫绀的患儿如大动脉转位、肺动脉闭锁需在新生儿期立即手术；对某些严重低氧血症、酸碱失衡，并进行性恶化；或并发反复呼吸道感染、呼吸衰竭，心力衰竭，内科治疗难以见效的新生儿、婴幼儿危重先心病患儿则应予以急诊手术；某些严重畸形的先心病需分期手术，在婴幼儿期予以姑息手术治疗，根据病情再行二期根治术；大多数先心病如果不治疗，心脏畸形及继发病变会越来越复杂、病情越来越重。早发现、早诊断、早治疗是关键。