临床上绝大多数先心病患儿并未发现明确的致病原因。心脏发育障碍过程中确切起作用的基因、部位、调控等尚不确定,但可以肯定的是在妊娠第3-8周内如有因素影响到了胚胎的发育，就可能使胎儿产生先心病。目前研究表明，大概有5-6％的先心病与患者的染色体异常有关，2-3％与基因缺失有关，2％左右与环境因素有关，而在85-90％的患者中，可能是多因素作用的结果。
　　一般来说先心病的发病原因可归为三类：
　　1、感染因素：妊娠3个月内母亲患病毒感染，尤为风疹病毒、流感病毒感染，其生出的婴儿先心病的发病率较高。
　　2、环境因素：妊娠3个月内母亲接触某些化学物质（苯、二氧化硫等有害气体和汞、镉等重金属），则可通过胎盘影响胚胎发育，引起先心病；服用某些药物（解热镇痛药、某些抗生素、抗癫痫药物、锂剂等）的母亲怀有先心病胎儿的几率会增加；母亲患有代谢性疾病、内分泌疾病（如苯丙酮尿症、胰岛素依赖型糖尿病、红斑狼疮等）其胎儿心脏畸形的发生率也随之增加；X射线、同位素等电离辐射也可引起胎儿心脏畸形。
　　3.遗传因素：先心病还可能与遗传物质有关（但这也许是同一环境因素造成了遗传物质的变异）。染色体异常会引发遗传性状的改变，如Down’s综合征常会引发患儿出现先心病。在先心病患儿中，5-8％的患儿合并有染色体异常。
　　研究发现，如果父母一方患有先心病，其子女先心病的发生率会增高。母亲有先心病，孩子患先心病的几率在2.5-18％， 如果父亲有先心病，孩子患先心病的几率为1.5-3％；如果有一个孩子是先心病，那么再生一个孩子发生先心病的几率为1.5-5％， 如果有两个孩子是先心病，那么第三个孩子发生先心病的几率为5-10％；但兄弟姐妹间所患先心病的类型可能不同。先心病患儿可进行染色体检测以明确染色体有无异常情况存在及以后所要孩子的风险。
　　除此之外，孕妇年龄过大其胎儿心脏畸形的发生率也随之增加。