室间隔缺损有自愈的可能性，室间隔缺损自愈一般发生在3岁以内，尤其是1岁以内，随着年龄增长，室间隔缺损自愈的可能性减少。小的缺损自愈率高，大的缺损自愈率低。合并肺血管改变或肺动脉高压者很难自愈；干下型缺损未见自愈者，且容易发生主动脉瓣脱垂。

　　简单的概括来说，只有少数婴儿期发现的、尺寸在0.5cm以下的先天性房间隔缺损、室间隔缺损有自愈的可能。尽管0.5cm以下的先天性房间隔缺损、室间隔缺损单纯血流动力学影响不是很大，但是，由于这两类疾病有不同的并发症和对身体潜在的影响，比如矛盾血栓、感染性心内膜炎和脑脓肿，这些好发于成年病人，尤其是60岁以后，由感冒等感染引发并加重，故即使小时不治疗，现在主张到成年人很小的房、室缺也要治疗。

　　部分小的室间隔缺损也是在小孩反复感冒发烧、血流冲击三尖瓣结构或室缺边缘，导致心内膜增生而逐渐关闭室缺，也就是说是冒着小孩患感染性心内膜炎的风险来换得的“自愈”。因此，对于这些患者，所有的医生都认为应该定期复查心脏超声，如果出现心脏扩大，出现X线下肺充血等，应及时手术。

　　房缺直径大于1.0 cm、腔静脉窦型房缺、右室增大及6岁以上的房缺自然愈合机会很小。巨大的室间隔缺损，25％-50％在1岁内因肺炎、心力衰竭而死亡。因此，心力衰竭反复发作婴儿应行缺损修补治疗。