自然闭合可发生在胎儿时期，出生前未闭合者，76％在出生第一年内闭合；通常在3岁以内自然闭合发生较多，年长儿或成人闭合少。膜部及小梁部室缺自然闭合多，流出道部、靠近肺动脉瓣及对位不良的室缺很少自然闭合。小型室缺自然闭合机会多，但大于10mm的膜周室缺，或曾有心功能不全者也有自然闭合的机会。通常大室缺(造成肺动脉压力超过体循环压力50％的缺损)其自发性闭合的概率可能很低。