移植前的准备阶段：主要在门诊完成。
　　预处理阶段：受者接受大剂量的化疗和/或放疗，在此期间的白细胞也逐渐下降至较低水平，需住在100级洁净度的层流洁净室，室内的空气均要经过滤去除其中的微生物及其它颗粒后才能被输入，进入洁净室的人员需要穿戴无菌隔离衣、帽、鞋、口罩、手套。

　　移植阶段：将供者的造血干细胞经静脉回输给受者，受者住在层流洁净室。
　　移植后早期：造血干细胞在受者体内植活，血细胞恢复至较安全水平的这一段时间，受者住在层流洁净室。
　　移植后中期：供者造血干细胞在受者体内植活后，受者在普通病房的观察期。在这段期间内，主要观察或处理移植后的并发症，如受者一般情况好，无严重并发症可出院。
　　移植后后期：患者出院后定期门诊随访，根据移植类型不同随访至移植后3个月~半年左右，若情况平稳可回当地，以后每3~6个月回院复查至移植后2年，以后每年回院复查1次至移植后5年。对某些病例主管医生会根据病情规定特殊的复查间隔。