在消化道肿瘤中，常检查的有CEA、CA199、CA72.4、CA125、CA242等。普遍来讲这些指标自前往后，敏感性和特异性越来越低，但每个患者的异常项目也不一样，有人就CA72.4高，有人就CA125高，还有的患者自始至终哪项指标都不高（占10％左右），这样的患者，其肿瘤标志物对他今后判断复发转移和治疗疗效估计意义不大。
　　这些肿瘤标志物升高的患者临床预后较差，提示已经出现局部肿瘤扩散或远处转移。观察它们的动态变化更有意义。如患者确诊结肠癌时CEA升高，手术1-2月后降为正常（一般在术后1月后降为正常），说明肿瘤相对切除的干净，并且远处转移的几率较小，如在今后的治疗中再次升高，提醒医生可能有复发转移的可能，观察到其进行性升高一定要详细检查，有学者观察，肿瘤标志物升高如先于影像学，那么到出现影像学病灶的时间可以为3-6月。
　　有些肿瘤的肿瘤标志物不是很敏感，例如食管鳞癌的标志物很特别，现在临床常用的有CEA、SCC、NSE、CYFRA211等，其变化的幅度很小，不像其他胃肠癌中的CEA和CA199变化的幅度大，因此临床的特异性和敏感性都差，所以目前食管鳞癌用血液肿瘤标志物进行辅助诊断、判断预后、评价疗效的意义都较差。
　　AFP（甲胎蛋白）是原发性肝细胞癌（HCC）的特异指标，在HCC的诊断中敏感性较高，但有极少部分特殊类型的胃癌患者AFP会很高，有人称为“肝性胃癌”，预后极差。
　　查体发现肿瘤标志物高怎么办？首先这些指标轻度升高不是肿瘤独有的，例如吸烟、饮酒、腹泻、胰腺炎、糖尿病和肝功异常等均可升高，还有的是不明原因的升高，因此，查体发现指标高，要到专科医院复查，有时需要时间连续观察，强调的是进行性升高更有意义，偶尔一次高意义不大。