根据大量病例观察，业已证明浸润性乳腺癌术后应用化学药物辅助治疗，可以改善生存率。乳腺癌是实体瘤中应用化疗最有效的肿瘤之一，化疗在整个治疗中占有重要地位。由于手术尽量去除了肿瘤负荷，残存的肿瘤细胞易被化学抗癌药物杀灭。一般认为辅助化疗应予术后早期应用，联合化疗的效果优于单药化疗，辅助化疗应达到一定剂量，治疗期不宜过长，以6个月左右为宜，能达到杀灭亚临床型转移灶的目的。
　　浸润性乳腺癌伴腋淋巴结转移者是应用辅助化疗的指征。对腋淋巴结阴性者是否应用辅助化疗尚有不同意见。有人认为除原位癌及微小癌（<1 cm）外均用辅助化疗。一般认为腋淋巴结阴性而有高危复发因素者，诸如原发肿瘤直径大于2cm，组织学分类差，雌、孕激素受体阴性，癌基因HER2有过度表达者，适宜应用术后辅助化疗。
　　常用的有CMF方案（环磷酰胺、甲氨蝶吟、氟尿嘧啶）。根据病情可在术后尽早（（1周内）开始用药。剂量为环磷酰胺（C） 400 mg/m'，甲氨蝶呤（M） 20 mg/m2，氟尿嘧啶（F）400 mg/m2，均为静脉注射，在第1及第8天各用1次，为1疗程，每4周重复，6个疗程结束。因单药应用阿霉素的效果优于其他抗癌药，所以对肿瘤分化差、分期晚的病例可应用CAF方案（环磷酞胺、阿霉素、氟尿嘧啶）。环磷酞胺（C）400 mg/m2，静脉注射，第1,8天；阿霉素（A）40 mg/m2，静脉注射，第1天；氟尿嘧啶（F）400 mg/m2，静脉注射第1、8天，每28天重复给药，共8个疗程。化疗前病人应无明显骨髓抑制，白细胞>4 ×109 /L，血红蛋白>80 g/L，血小板>50×109/L。化疗期间应定期检查肝、肾功能，每次化疗前要查白细胞计数，如白细胞<3×109/L，应延长用药间隔时间。应用阿霉素者要注意心脏毒性。
　　术前化疗目前多用于III期病例，可探测肿瘤对药物的敏感性，并使肿瘤缩小，减轻与周围组织的粘连。药物可采用CMF或CAF方案，一般用1--2疗程。
　　表阿霉素的心脏毒性和骨髓抑制作用较阿霉素低，因而其应用更较广泛。其他效果较好的有长春瑞宾、紫杉醇、多西紫杉醇等。