由于灌注药物有一定的化学刺激，因此多数膀胱癌患者灌注后会出现尿急、尿痛、血尿的症状。这些症状属于治疗后的常见反应，可能是伤口未愈合，或者化学刺激造成出血，当然也可能是部分药物的颜色。一般来说，这些症状在灌注后会持续一天左右，两三天疼痛就会消失，不必过于担心，治疗后大量饮水也可以起到缓解症状、减少危害的作用。灌注治疗极少情况下会导致骨髓抑制。
　　如果患者对疼痛不能忍受，也可以按需使用肛塞消炎痛栓来缓解症状。为了预防尿路感染，患者通常在做完灌注治疗后还需按医嘱服用抗菌药，一般三四天左右。
　　需要注意的是，如果尿痛持续时间较长，比如三四天以上还没缓解，那么患者可能是发生了尿路感染，或是因为药物不耐受造成的化学性膀胱炎导致的疼痛；若尿中出现血块，也要十分小心，特别是对于老年前列腺增生的患者，这些血块可能堵塞尿路导致排尿困难甚至不能排尿。出现这些不适症状需要及时就诊，切不可因为疼痛，就自行停止后续的灌注治疗。