羊水穿刺术的主要风险是胎儿丢失。目前多数医院报道的胎儿丢失率约为0.5％（包括流产、感染、胎死宫内等）。引起流产主要原因是穿刺过程刺激子宫收缩造成，这与每个人的子宫敏感性有关，无法完全避免。因此，为了手术的安全性，术前如果有频繁宫缩、体内有任何感染如上呼吸道感染、泌尿系感染等，都应先进行治疗，不宜立即手术。术前应测量体温，做化验检查，术后要求卧床休息1天，24小时内不要洗浴等，都是为了减少感染和流产的风险。胎儿丢失的发生基本都在术后24小时内出现症状，过了24小时后就可以揭去针眼敷料正常活动了，但2周内应避免性生活和体力劳动。如果术后出现腹痛、发热、阴道流血或阴道流液等要立即去医院。

　　如果能在超声引导下实时穿刺，就不必担心会扎到胎儿。但并不是所有医院都可以进行这种操作。

　　羊水穿刺术后一个多月才会出结果。之所以需要这么长时间，是因为抽出的羊水中胎儿细胞很少，需要进行细胞培养以获得更多的细胞才可以进行染色体核型分析，培养的过程比较漫长。如果羊水中细胞少到不足以培养成功，那么就得不到结果，还需要重新穿刺。因此在羊水穿刺这个过程中，真正具有技术挑战的是细胞培养和核型分析等实验室技术，这也是为什么只有少数医院才可以进行这种技术操作。培养失败得不到结果是必须考虑到的风险之一。现在有些医院可以进行荧光染色体原位杂交的方法，这种方法无需细胞培养，基本不会失败，2周可出结果，但只能针对21，13和18号染色体和性染色体进行检查，因此适用于非高龄的唐氏筛查高危的患者。