大多数慢性肾炎的病因不清楚。急性链球菌感染后肾炎迁延不愈，病程超过1年以上，可转为慢性肾小球肾炎。但大部分慢性肾炎并非急性肾炎迁延而来。其他细菌及病毒感染，特别是乙型肝炎病毒感染亦可引起慢性肾炎。

　　由于慢性肾炎不是一个独立的疾病，其发病机理各不相同。大部分是免疫复合物疾病，可由循环内可溶性免疫复合物沉积于肾小球，可由抗原(肾小球固有抗原或外源性种植抗原)与抗体在肾小球原位形成免疫复合物，激活补体，引起组织损伤。也可不通过免疫复合物，而由沉积于肾小球局部的细菌毒素，代谢产物等通过“旁路系统”激活补体，从而引起一系列炎症反应而导致肾小球肾炎。

　　非免疫介导的肾脏损害在慢性肾炎的发生与发展中亦可能起很重要的作用。

　　根据目前研究结果，这种非免疫机理可能包括以下因素：

　　(1)肾小球病变引起肾内动脉硬化;

　　(2)肾血流动力学代偿性改变所引起的肾小球损害;

　　(3)高血压对肾小球结构及功能的影响;

　　(4)肾小球系膜的超负电荷状态。