尽管我们发现HBV已经有半个多世纪了，但是找到慢性乙型肝炎的治疗方法仍然是一个很大的挑战。目前已经被批准用于慢性乙型肝炎的治疗方法包括核苷酸类似物和干扰素。核苷酸类似物通过抑制病毒的聚合酶，能够有效的抑制HBV的复制，使其达到检测不到的水平，但是在停药以后血液中的病毒经常会回升，主要是因为HBV共价闭环DNA （cccDNA）中活跃的转录模板的存在。因此治愈HBV要么需要清除cccDNA，要么需要杀灭被感染的肝细胞。我们知道，干扰素可以直接抑制病毒的复制，还能间接增加抗病毒的免疫作用，具有双重功效。尽管与核苷酸类似物相比，停用干扰素后可以达到较高的持续缓解率。但是这一缓解率还远未达到令人满意的程度。
　　HBV感染治愈后的患者的HBV特异性免疫能力非常强，并且是多功能性的，而慢性乙型肝炎的特点就是先天性或后天性的抗病毒免疫功能异常。多种机制可以解释慢性乙型肝炎患者的HBV-特异性T细胞免疫功能异常，包括高浓度的病毒抗原（包括HBsAg和HBeAg）和肝脏微环境的耐受。以前的研究显示，应用核苷酸类似物可以抑制病毒的复制，短暂和部分重建T细胞抗病毒免疫。这一点支持长期暴露在高浓度的抗原中可以导致T细胞抗病毒功能异常的假说。对干扰素缓解的研究发现了几个与治疗成功有关的因素，包括基础状态时血液中病毒量较低，病毒抗原量较低，丙氨酸转氨酶浓度较高。
　　因此，我们可以合理假设，核苷酸类似物和干扰素序贯联合治疗的治疗效果要优于其中任何一种治疗方案单独使用。因为核苷酸类似物可以降低病毒载荷，从而加强其后应用干扰素治疗的缓解率。有趣的是，一个临床试验报告显示，HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者应用恩替卡韦-聚乙二醇干扰素α2a序贯治疗可以取得较高的HBeAg血清转化率和HBsAg转阴率。在这一研究中，与应用恩替卡韦治疗结束时HBsAg和HBeAg浓度较高的患者相比，HBsAg和HBeAg浓度较低的患者应用聚乙二醇干扰素序贯治疗的缓解率较高。