马蹄肾的两肾下极多在脊柱前方融合成峡部，输尿管与肾盂高位连接，伴有肾旋转不良，各组肾盏朝向背侧。因此肾脏位置较正常低，肾上极更靠后外侧，给经皮肾镜取石手术的定位穿刺入路造成一定困难，手术前完善CTU检查了解结石和集合系统的解剖关系，也可以对马蹄肾结石进行微创PCNL治疗。
　　由于输尿管上段在峡部前侧位跨越行走并与肾盂连接，UPJ处成坡状，肾盏漏斗部狭长，造成术后残石很难自行排出，尤其是肾下盏结石，所以手术中应尽量清除所有结石，必要时进行多通道碎石取石术。