感染性上尿路结石一般是指肾脏鹿角型结石，或者指梗阻严重、肾积水明显的输尿管结石，常伴有反复的尿路感染病史，尿液分析中可见脓白细胞，尿培养可以发现大肠杆菌、变形杆菌等致病菌。这些致病菌就躲藏在这些结石的内部甚至结石的核心处，抗菌药物一般很难到达这些地方将其杀灭。停止抗菌药物后，都在结石内部的细菌有能死灰复燃，再次引发尿路感染。如果术后有结石残留，尿路感染、尿路结石是互相促进的因素。感染可以引起肾结石，而结石梗阻可以加重感染，从而使结石越来越大，再次形成鹿角结石，产生恶性循环，最终导致肾功能受损。控制尿路感染和解除尿路梗阻，是为保护尿路结石患者肾功能的主要目的。
　　（1）一般治疗：通过每日饮水2000~3000ml，增加尿液排出，可以防止结石长大。尤其是在睡前饮水，可以防止夜间尿液浓缩、结晶析出形成结石。大量饮水也可以使尿液中的细菌得以大量排出，有利于感染的控制。
　　（2）抗菌药物的运用：通常使用对细菌敏感的抗菌药物，经验用药一般为喹诺酮类药物。对于复杂的感染性尿路结石患者，可以先行中段尿培养，再根据药物敏感试验来确定使用何种药物。在外科手术前运用抗菌药物，对预防术中术后菌血症、败血症的发生具有重要作用。
　　（3）对症处理：肾绞痛发作时，可以用解痉止痛药对症处理。可以大量补充液体。
　　（4） 外科手术处理：对于大多数的结石，可以通过微创手术将结石粉碎后取出。如PCNL术、输尿管镜碎石术等。一般术前尿培养，术前预防运用抗菌药物，术后保持尿液引流通畅并使用抗菌药物。