目前在临床上，大约有17％的溃疡性结肠炎和克罗恩病患者，在服用硫唑嘌呤的时候出现不耐受现象，例如出现严重骨髓抑制、胰腺炎、肝脏损伤、淋巴瘤，甚至会有骨骼关节痛疼、脱发、以及消化道问题（如恶心、呕吐、不适）等表现，尤其是对于血常规中性粒细胞 < 2.0；血淀粉酶 > 2X; 或者肝功能ALT, ALP, rGT > 2X者应该更加重视。
　　对于出现上述问题，应该立即停用硫唑嘌呤：
　　1、建议可以转换为6-巯基鸟嘌呤（6-MP）治疗，一般剂量在0.3 - 1.0 mg/kg之间，根据病人的情况选择合适的剂量，可使2/3对硫唑嘌呤不耐受的患者得到病情控制。
　　2、若对6-MP仍不耐受的克罗恩病患者，建议转换为甲氨蝶呤（MTX）治疗。
　　3、若仍有对上述2种药物不耐受者，则考虑使用肠内外营养或者生物制剂治疗等。