从大量的临床资料来看，多数肛瘘不会癌变，仅少数患者可发生恶性病变，其原因有以下几个方面：

　　(1) 长期的慢性炎症刺激：长期的炎症存在，使得脓性物或粪便从瘘管排出，从而刺激细胞异常增生，导致恶性病变。

　　(2) 细菌感染：细菌长期存在于瘘管内，特别是绿脓杆菌或结核菌感染，迁延不愈，可导致癌变。

　　(3) 药物刺激：长期大量地使用各种局部外用药，经常刺激局部，导致癌变。

　　所以，对于肛瘘应早诊断、早治疗，以防病久癌变。