肛周脓肿早期可服用抗生素和内服清热解毒的中药以及外敷清热解毒、消痈散结的中药药膏等，可使炎症得到控制，不再继续扩大。但这类病例尽管局部肿痛的症状可以减轻甚或消失，但往往都会再发，仍需手术治疗。其治疗原则是肛周脓肿一旦成脓宜早期手术治疗。

　　肛周脓肿绝大部分是因肛门腺感染化脓后向周围扩散而成，因此外科手术治疗时如不将感染的肛门腺及肛窦处理，肛周脓肿就得不到根治而发展为肛瘘，其实两者是一个病的不同阶段的表现。