新生儿期容易发生急性肛周化脓性感染，若感染未控制则形成肛周脓肿，脓肿破裂或反复易形成肛瘘。脓肿是肛周感染的急性期，肛瘘则多认为慢性形成。 主要病因是因为肛周脓肿由肛腺感染引起。肛腺开口于肛窦，因肛窦开口向上，腹泻、便秘时易引起肛窦炎，因直肠肛管周围间隙为疏松的脂肪结缔组织，故感染延及肛腺后极易蔓延、扩散。感染形成的包块多位于肛门两侧或后方，病变处明显红肿，有硬结及触痛。脓肿形成后可有波动感，穿刺时抽出脓液。若破溃会流出少量脓性、血性或粘液性分泌物。

　　由于分泌物刺激肛周，肛门周围潮湿、瘙痒，出现红色湿疹样。若有波动感或者包块彩超提示有脓肿形成的，确诊后应行脓肿切开引流。于肛门旁波动明显处作放射状切口，切开皮肤皮下后以止血钳分离脓腔，可留取脓液做细菌学培养。排出脓液后初次以凡士林纱条填塞引流。后期按时换药可以盐水纱条引流。若感染重，或有全身感染可能的，可据细菌培养情况选择抗生素治疗。 新生儿期肛瘘多用非手术治疗，多数能自愈。若肛瘘反复发作经久不愈则需手术治疗。手术年龄多数在2岁以后。手术原则是找到瘘管或挂线或切开，关健是手术中尽量减少肛门括约肌的损伤，以防大便失禁。低位单纯肛瘘可选以上手术方法。女婴的肛瘘若形成直肠前庭瘘应行瘘管切除肛门内修补术。术后会阴清洁坐浴。