根据现有HCV序列的系统发生学，HCV至少可以分为6种主要的基因型和超过30种的基因亚型。而且，即使在感染单一基因型HCV的患者中，HCV在体内以一群变异体存在，它们之间的序列差异可达4％～8％，称之为准种。可能由于缺乏保护性免疫，在CHC患者中常常看到不同HCV病毒株的重叠感染，尤其是处于极高感染风险的患者，如静脉药瘾者、血液透析患者和在HCV筛查尚未引入献血员的年代并曾多次接受输血的患者等。多重基因型HCV感染具有重要的临床病理学意义。在一个既定的个体中同时感染多种基因亚型/基因型，对这一发现看法不一。大致存在两种导致不止一种基因型感染的情况：已经感染单一基因型的患者重叠感染此外一种基因型病毒或同时感染多种基因型病毒。

　　关于同时感染的频率和临床意义的研究结果是相互矛盾的，可能是由于检测HCV基因型和亚型本身的问题造成的。应用血清学方法已显示，感染单一HCV基因型的患者可能都曾经历短暂或隐匿的另一种HCV基因型的重叠感染。现在最常使用的基因分型方法是线性探针技术，用于检测5’端非翻译区（5’-UTR）的改变。应用这种方法，10.8％的单一HCV基因型感染者和5％的HCV/HIV混合感染者中可检测出多重HCV基因型。在后一组患者中，多重HCV基因型感染与HIV快速进展相关。然而，值得注意的是，针对5’-UTR的基因分型方法可能不是检测多重HCV基因型感染的最佳方法。传统的基于5’-UTR的基因分型方法中有一种共同错误，在于区分1α和1b亚型，约20％的1α基因亚型可能被错误地分为1b亚型。由于这两种基因亚型仅有1个核苷酸的差异，因此需要应用更精确的分型方法以保证检测出不同病毒株的多重基因型感染。同时，令人关注的是，多重基因型HCV感染或许由于不同的基因型病毒可能存在于不同的病毒储存器官。目前已有报道HCV基因组广泛存在于非肝的储存器官中，某些证据也支持这一假说，即与非肝储存器官比较，不同的病毒株可能获得特定的肝脏趋向性。然而，这个问题仍有争议，这可能系因检测HCV基因型方法不同所致。

　　迄今为止，多重基因型感染的临床意义尚不清楚，目前已经结束的临床验证均排除了此类患者，使得评价多重基因型感染对治疗应答的影响变得困难。在感染不同基因型HCV的供体和受体之间的肝移植为研究宿主-病毒以及病毒-病毒之间的相互作用提供了一个非常有用的模型，尽管用于抗排斥的免疫抑制治疗可能影响到相互作用的本质。多组研究均提示，在多重感染的患者中，常见一种病毒株占据优势。一项法国的研究调查了119例未经治疗的慢性HCV感染者。扩增HCV RNA的核糖体结合位点序列，应用单链构象多态性（SSCP）、线性探针技术和克隆测序方法比较血浆和外周血单个核细胞（PBMC）中序列的差异。在可评价的113例患者中发现，有54例（48％）血浆和PBMC的SSCP模式存在差异。24％的患者同时感染两种基因型或基因亚型，只在PBMC中（n=25）或在血浆中（n=2）可以检出。SSCP确定的区室化差异（区室是一个非形态学的概念，由具有相同发育潜能、相对独立的细胞群体构成）在已用药患者中更加多见，而在基因1型HCV感染者的血浆中少见。混合感染两种或更多HCV病毒株的患者似乎对聚乙二醇干扰素/利巴韦林治疗的持久应答更多。相反，在美国阿拉斯加的一项大型研究中，并未发现HCV感染者存在区室化差异。大部分通过5’-UTR分析方法确定的混合基因型和转换基因型感染模式无法用异源双链泳动分析（HDA）方法重复证实。

　　在评价多重基因型HCV感染的临床意义之前必须先解决最佳的检测流程的技术问题。部分研究显示多重基因型的出现对药物的选择及疗程有重要意义，但这并未被广泛接受。然而，值得注意的是，在临床实践中，一种病毒基因型的主导常使得只有一种基因型被检测出来，但以最近检测出来的基因型结果来确定治疗周期应审慎，因为感染（或再活化）其他基因型病毒可能导致优势基因型随时间而发生改变。在治疗后复发的患者，建议临床医师重复进行基因型检测，以确定这种活化是否由治疗前的优势病毒株引起。

　　综上所述，对于特殊人群的丙型肝炎患者（如丙型肝炎合并有妊娠、糖尿病、肾脏疾病、肾移植术、精神障碍疾病、甲状腺功能异常、HIV、再生障碍性贫血等患者，儿童丙型肝炎、丙型肝炎肝硬化及多重基因型HCV感染等患者）对抗病毒治疗（IFN+RBV）的疗效有一定影响，同时，IFN及RBV的不良反应又影响本身存在基础性疾病的特殊人群。因此，在进行抗病毒治疗时，应具体问题具体分析，谨慎合理采用抗病毒治疗策略。值得注意的是，近来临床研究发现，DAAs对CHC特殊人群（如CHC合并肾脏疾病等）的抗病毒治疗具有较好疗效，且具有不良反应少，这为CHC特殊人群的抗病毒治疗提供了更多选择，但仍需多中心、大样本临床研究。