首先要有感染菌。大肠杆菌是肠道内的主要细菌，所以也是肛周脓肿的主要感染菌。其次要有诱发因素。当身体疲劳、睡眠不足使抵抗力下降，或过食辛辣、饮酒、吃海鲜时都可诱发肛窦感染，形成肛周脓肿，其发病过程一般是这样的：肛窦呈漏斗状。开口向上，下联肛腺口，肠腔的液体和粪便易在此存留，当肛窦被感染发炎后，炎症沿肛腺口逆行到肛腺，使肛腺水肿、发炎，炎症继续发展，由腺组织经血管、淋巴管侵入组织周围，形成肛周炎，即肛周脓肿的前期，炎症可向齿状线上下扩散，炎症向下扩散化脓形成肛周脓肿。

　　肛瘘的形成：

　　肛瘘的早期形成是肛周脓肿，其形成原因是滞留于肛窦中的细菌引起的，其特点是肛周肿痛伴发热。肛门直肠周围脓肿由肛腺感染而来的，细菌由肛窦通过肛腺腺管逆流感染肛腺引起肛周脓肿，所谓肛瘘就是形成了脓的窦道，其形成特点很容易使粪便积聚，一次炎症消退后，因粪便再次积聚，粪便中含大量的细菌而使炎症极易复发。几乎所有的肛门直肠周围脓肿都会转化为肛瘘，其症状是肛门周围反复流脓并伴随发烧、疼痛。