不同微生物可以引起明显不同的疾病，她们损伤机体的过程是不一样的。大家都很熟悉结核、肝炎、艾滋病、尖锐湿疣、麻风、尿道炎等慢性传染病，为何它们在临床上久治不愈呢？

　　很多微生物不能完全被免疫应答清除，但它们多数对我们人类来说不是致死性的。这些微生物在人群中已经持续存在了数百年甚至数千年，高度进化，与人类的免疫系统已经达成一种妥协状态。它们已经学会了与我们人类一起生活，它们依附于我们，利用我们人类得以生存。

　　比如淋球菌有很多可变的抗原，如菌毛蛋白，是由几个不同基因编码的，只有一个能表达。沉默的基因时常替代菌毛蛋白启动子下游活化的基因。因此，可以帮助淋球菌逃避特异性的免疫攻击。引起梅毒的苍白螺旋体表面包被了我们人类的分子，也只有它们感染了组织后这些分子才脱落，这样就无法形成有效的体液免疫。而引起尖锐湿疣的HPV由于很难引起机体免疫系统的识别几乎无法产生免疫反应。