肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦处。肛窦则是继发感染的门户，即内口，反复感染，形成瘘道。瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排出，直肠内的粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口才能治愈，到目前为止还不能以非手术的方法治愈。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。