乙肝抗病毒治疗药物可以分为两大类：干扰素类及核苷（酸）类似物。前者是注射剂，有长效及普通的两种。长效的又称聚乙二醇干扰素,包括佩乐能(α-2b)和派罗欣(α-2a)；普通干扰素也有α-2a及α-2b两大类，目前市售的有多个厂家生产多种商品名。总的来说干扰素是通过诱导机体免疫反应清除病毒，HBeAg血清转换率较口服的核苷类高，有相对固定的疗程。但副作用大，如流感样症候群（表现为发热、寒战、头痛、肌肉酸痛和乏力等）、一过性骨髓抑制（主要表现为外周血白细胞 (中性粒细胞) 和血小板减少）、精神异常（可表现为抑郁、妄想症、重度焦虑等精神病症状）及诱导产生自身抗体和自身免疫性疾病（包括抗甲状腺抗体、抗核抗体和抗胰岛素抗体）等。且失代偿期肝硬化者不能应用。流感样症候群、一过性骨髓抑制多在用药早期出现，随疗程进展可逐渐减轻或消失，但有时也可持续存在，而影响疗程，所以在用药过程中应密切监测，随时来诊。核苷（酸）类似物:目前批准用于临床的有拉米夫定、阿德福韦酯（贺伟力、代丁、名正等）、替比夫定、恩替卡韦等。用量均是一天一次，每次一片。使用方便、副作用小，但疗程长、有的药易引起病毒耐药变异，停药后有使病情恶化的风险。
　　需要强调：所以方案均非100％有效，因此在治疗中要定期监测，必要时调整治疗方案。