乙肝病毒感染后可以引起急性肝炎、也可以引起慢性肝炎或隐匿性感染。这主要与感染时的年龄有关（不同年龄其免疫状态不同），通常在围生 (产) 期和婴幼儿时期感染HBV 者中，分别有90％和25％-30％将发展成慢性感染；在青少年和成人期感染HBV 者中，仅5％-10％发展成慢性HBV感染。成人期感染HBV 者90％以上均可完全治愈。这也是我们常常在体检中发现有些人乙肝五项中抗HBs 及抗HBc阳性的原因之一。
　　慢性乙型肝炎病毒感染的自然病程漫长，可持续30～50年。期间可分为免疫耐受期、免疫清除期、免疫清除期和非活动或低（非）复制期。
　　免疫耐受期：特点是HBV 复制活跃，HBV DNA滴度较高 (>105 拷贝/ml)，血清HBsAg 和HBeAg 阳性，血清丙氨酸氨基转移酶 (ALT) 水平正常，肝组织学无明显异常，这也是我们常常见到的慢性HBV携带者；
　　免疫清除期：表现为血清ALT及天门冬氨酸氨基转移酶 (AST) 持续或间歇升高，肝组织学有坏死炎症等表现，HBV DNA 滴度>105拷贝/ml，但一般低于免疫耐受期，这是通常所说的慢性肝炎。
　　非活动或低 (非) 复制期：表现为ALT／AST 水平正常，肝组织学无明显炎症；HBV DNA 检测不到 (PCR 法) 或低于检测下限， HBeAg阴性，抗-HBe 阳性，这部分患者成为非活动性HBsAg携带状态。
　　慢性乙型肝炎患者中，肝硬化失代偿的年发生率约3％，5 年累计发生率约16％。慢性乙型肝炎、代偿期和失代偿期肝硬化的5 年病死率分别为0％-2％、14％-20％和70％-86％。肝硬化者5 年肝癌的发生率为6％-15％。在6 岁以前受感染的人群中，约25％在成年时将发展成肝硬化和原发性肝癌。
　　因此，对于慢性HBV感染者最终的转归大致有以下三种情况：终生携带病毒不发病；或转为慢性乙型肝炎；或进一步发展成肝硬化、肝癌。由于慢性感染时病情常常隐匿，不易被发觉；即使有些不适如不想吃饭、精神差、乏力或恶心等亦不被引起注意。常常在病情严重时才来就诊，可能这时已经失去了许多治疗机会，所以我们强调在发现有HBV感染后要定期做相应的检查。