抗病毒治疗是慢性乙肝治疗的关键。彻底清除病毒，并且永不复发，是医生和患者共同的心愿，但是，当前的治疗手段还无法实现这一目标。因此，在抗病毒治疗开始前，患者对药物治疗的预期目标有所了解，会有利于患者更好地依从治疗方案。　　

       目前，抗病毒治疗有两大类药物：一类是干扰素，另一类是核苷类似物。针对应用核苷类似物治疗e抗原阳性的慢性乙肝的情况，我们可以把乙肝抗病毒药物治疗的显效过程粗略地分为以下三个层次。
　　肝功正常，病毒阴转
　　肝功能恢复正常、病毒定量阴转，这是我们进行抗病毒治疗的基本目标，多数患者经过核苷类似物治疗后，都可以实现这一目标。病毒定量阴转、肝功能恢复正常，往往提示病毒复制明显减弱或者停止，肝脏的炎症活动减轻或者消失，疾病一般不会继续进展。
　　应用核苷类似物治疗的患者大多很容易达到这一层次，然而值得注意的是，达到这一目标并不意味着可以马上停止治疗。如果患者此时就停药，病毒复制容易反弹。因此，仍应继续巩固治疗，争取实现第二个层次的目标。
　　e抗原血清学转换
　　此阶段，患者肝功能持续正常，HBVDNA持续阴性，e抗原血清学转换（指e抗原阳性的慢性乙肝患者）。e抗原阳性的慢性乙肝患者在实现第一个目标之后继续巩固治疗，有部分患者可以实现“e抗原血清学转换”――e抗原转阴，e抗体出现――这预示着机体免疫系统和乙肝病毒之间的力量消长发生了重大转机，人体对病毒实现了免疫控制。
　　实现“e抗原血清学转换”是停药的基本前提。根据2010版《中国慢性乙型肝炎防治指南》，e抗原血清学转换后（前提是病毒定量已经阴转，同时肝功能正常），再继续应用核苷类似物治疗1年，可以考虑停药。之所以把“e抗原血清学转换”确立为停药指征，是因为达到这一目标后，患者停药后相对不容易反弹。但是，并不是肯定不反弹。
　　表面抗原转阴
　　在第二个层次的基础上，慢性乙肝治疗起效的第三个层次是实现了“表面抗原转阴”。表面抗原的阴转预示着HBV DNA的全面清除，临床上接近痊愈的状态。实现这个目标后再停用核苷类似物治疗，反弹的几率会更小。
　　当前，长期应用核苷类似物治疗或核苷类似物联合干扰素治疗，使得越来越多的患者实现了表面抗原的阴转，这对广大的乙肝患者无疑是一个福音。但是，这还不是当前大多数患者能够实现的目标，“越来越多”只是跟以前没有抗病毒治疗的人群相比，实际上能实现这一目标的乙肝患者还是少数。
　　2010版《中国慢性乙型肝炎防治指南》提出慢性乙肝治疗的总体目标是：最大限度地长期抑制乙肝病毒，减轻肝细胞炎症坏死及肝纤维化，延缓和减少肝脏失代偿、肝硬化、肝细胞肝癌及其并发症的发生，从而改善生活质量和延长存活时间。也就是说，我国慢性乙肝治疗的基本目标还处于第一个层次，但是，这个目标并不是一成不变的。医学在不断进步，专业医务工作者也在不断探索各种治疗方案，以进一步提高患者的“e抗原血清转换率”，甚至是“表面抗原阴转率”。