HBeAg血清转换长久以来被认为是一个具有临床意义的治疗终点，但是随着临床研究证据的累积，其合理性有待商榷。

　　一项对于HBeAg自发性血清转换的患者随访研究发现，33％的患者出现CHB的加重，其中发生HBeAg逆转的患者，肝硬化累计发生更早、比例更大；对于发生CHB加重，维持HBeAg阴性的患者，部分HBVDNA高于检测值上限水平。一项在亚洲患者中的调查研究发现，大部分肝硬化相关并发症及肝癌在HBeAg血清转换后发生或持续恶化。可见自发性血清转换并不意味着疾病进展停止。那么如果是治疗引起的HBeAg消失或血清转换，情况会有所不同吗？IFN和聚乙二醇干扰素、LVD/ADV/ETV等多项临床研究证实约70％HBeAg阳性患者通过短期治疗（2年）达到HBeAg血清转换。而且治疗引起的HBeAg血清学转换存在肝炎复发的危险，如在亚洲研究中有韩国学者报道，LVD治疗后发生HBeAg血清学转换的患者在停药后一年复发率为52％、二年复发率为55.7％;同时，台湾学者报道的48周复发率为45.4％、72周复发率为56.3％；印度学者报道6个月复发率为35％。这些肝炎复发后需要接受再次抗乙肝病毒治疗。所以如果以HBeAg血清转换作为治疗目标，至少有50％以上的HBeAg阳性患者需要接受超过2年的口服抗病毒治疗。还有研究显示亚洲患者中IFN-a诱导产生的HBeAg血清学转换和自发性HBeAg血清学转换之间的累计比率只在初期有差异，且前者不如后者稳定。81％~91％的患者体内用PCR法仍能检出HBVDNA。最近在2008年APASL上发表的研究数据显示，治疗引发的HBeAg血清学转换在停药后48周的逆转率高于自发性HBeAg血清学转换，有显着的统计学差异。这些数据提示，HBeAg血清学转换不能作为单一的、主要的治疗终点。