肛瘘与肛周脓肿分别属于肛周间隙化脓性感染的两个不同阶段。其急性期就是肛周脓肿，而慢性期即脓肿破溃后为肛瘘。因此，可以说肛瘘是肛周脓肿发展的一种结局。肛周脓肿是由肛腺感染后，炎症向肛管直肠周围间隙组织蔓延而发生的。肛腺的发育和功能主要受到人体性激素，特别是雄性激素的调节。由于雄性激素的作用可使皮脂腺与肛腺分泌旺盛，如果肛腺管阻塞，肛腺液排泄不畅而淤积，它就会感染而引起肛腺炎。这就是导致肛瘘的主要原因。就男性而言，其体内分泌的雄激素往往要高出女性好几倍，所以肛瘘的发病率，男性高于女性，其比约为5―6：1。