肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。首先是脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓液外溢，局部经常受到刺激，皮肤摩擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作也越加频繁，形成互为因果。如不及时治疗反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门正常生理功能，危及周围脏器，且有恶变倾向。