间质瘤的特点就是比较容易复发，当然和原发肿瘤大小、原发部位、手术治疗情况等都有关系。
　　一般间质瘤都是恶性的，其恶性程度与肿瘤大小以及核分裂象多少（病理报告中会描述）相关。超过5cm的间质瘤应该在中度危险以上，对化疗放疗不敏感。接受过手术治疗的局限性GIST患者，完整切除后总的5年生存率为40-55％，术后第5年的复发率变化很大，其中低危原发肿瘤为2-15％ ，高危者为70-90％。目前没有特异性的用于检测GIST复发的血清标志物。肿瘤典型的复发部位是手术切除床、肝脏和腹膜。肺转移罕见。所以标准做法是术后5年内每3-6个月进行一次影像学（腹盆腔ct）检查，此后每年评估一次。
　　术后定期复查，复发如果不侵犯重要脏器，有时还可以手术切除。经济状况允许的话，口服依马替尼（格列卫）有一定效果，但十分昂贵。