肛门瘘管发生的真正原因是起源于肛腺感染。肛腺一般开口在肛门直肠交界的肛窦处，大部分都向外经过肛门括约肌深入到肛周间隙内，一旦发生感染就会在肛门周围形成脓肿，这样的脓肿破溃后都会形成肛瘘。

　　当然也有的肛瘘患者不一定有肛周脓肿，这是因为是慢性感染的原因，不被患者发觉。所以肛瘘大部分都会有一个外口、一个内口和一个管道组成，可以反复感染反复形成脓肿-瘘管-脓肿过程。严重者感染可以通过肛周间隙穿透到对侧或更深的位置，这样就形成了高位肛瘘或复杂肛瘘。

　　肛瘘必须经过手术治疗才能痊愈。但是以往的手术方式有很大的缺陷，一般都是采取切开或切除术式才能将瘘管切除干净。这样手术势必要切断或部分肛门括约肌，对于高位肛瘘有可能要切断提肛肌，这样会造成肛门失禁或肛门功能受到损害。对于高位肛瘘手术目前被公认为普外科三大世界难题。

　　美国曾经有文章提到肛门括约肌的损伤有48％的患者手术后会有肛门功能不全，比如术后溢便，不能很好识别气体和稀便等。这类手术后还会出现肛门的缺损，也是术后肛门功能不全的原因。一旦手术后发生肛门功能障碍，就无法再手术修复，因而成为肛瘘治疗的一个遗憾。这种手术还会有一个缺点那就是，一旦手术没有切除到瘘管内口，这样手术后很容易复发，所以医生在切除时容易将创面扩大，更容易造成肛门损伤。