肛瘘经长期临床观察，绝大多数的肛瘘是不会发生癌变，但极少数肛瘘可以发生癌变。其原因是：1、长期慢性炎症刺激，有时会导致组织异常增生，进一步发展会发生恶性变。2、有些细菌感染，如绿脓杆菌或结核杆菌感染缠绵不愈，有导致癌变的可能。3、长期大量使用各种外用药，可能会导致癌变。尽管癌变的发生率低，但一旦发生其危害较大。因此，发生肛瘘应及时治疗，杜绝癌变的发生。