先天性心脏病的发病机制比较复杂，目前尚没有定论。但普遍观点认为是遗传和环境因素相互作用的结果，其中遗传相关度约为55％。据有关资料介绍单纯遗传占8％，单纯环境占2％，遗传和环境相互作用占90％。
　　已知的危险因素包括：怀孕早期的病毒感染、海拔高度、孕期营养缺乏、羊膜的病变、胎儿受压、妊娠早期先兆流产、糖尿病、高血钙、放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用、母亲年龄过大等。至于遗传方面，先天性心脏病具有一定程度的家族发病趋势，但根据目前遗传学的先天性心脏病是由多个基因与环境因素相互作用所形成的理论。可以说父母亲有先天性心脏病，并不能直接导致子女得病。一般来讲亲属中有一个患先天性心脏病，则其他人患病的机率上升3倍(3％)，两个成员患病则机率上升为9％ 。如果三个成员患病,则其他成员患先天性心脏病的可能性上升至50％。