肝内胆管结石的治疗以手术为主。各种治疗方法其结果尚不完全满意，关键问题是残余结石率高，再手术率高，肝功能损害致肝功能衰竭。根据不同病情选择不同方法：
　　1）周围型肝内胆管结石，无明显症状的，不需手术处理。
　　2）肝左叶胆管结石，肝外不扩张也无结石，宜施行肝左叶切除术；
　　3）如果合并胆总管结石，切开胆总管取石；
　　4）合并肝门部胆管狭窄的，应切开狭窄环，解除狭窄，取出结石，行肝门胆管空场吻合术，同时切除胆囊;
　　5）右半肝内胆管结石合并肝萎缩，取出结石，而左半肝正常的，也可切除萎缩的右半肝；
　　6）全肝结石，无法取净，且肝功能损害有生命危险者，可施行肝移植术。
　　合并胆管炎是时，应采用抗生素治疗，控制感染。重症感染时也应该手术探查胆道，解除梗阻，取石并引流，条件许可也可同时切除病灶。