新生儿筛查主要用于生后会发病，通过治疗能改善婴儿预后的疾病。这些疾病是由于新生儿生后不再受母婴交换的保护，生化功能异常而出现。例如苯丙酮尿症，出生时血苯丙酸水平正常，但生后数小时后血苯丙酸水平明显升高；另外，像先天性甲状腺功能减低症的患儿，宫内可自胎盘接受母体的T4。这些疾病虽然发生率非常低，但若未被控制，患儿会出现生长发育迟缓，最终造成智力落后，而若在生后一周内得到治疗和饮食控制，智力落后是可以避免的。我国目前常规筛查的疾病包括：苯丙酮尿症（PKU）、先天性甲状腺功能减低症（CH）、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏（G6PD）、先天性肾上腺皮质增生症（CAD）和听力筛查。PKU是在20世纪50年代中期被发现的能够经饮食治疗的代谢性疾病，1962年Guthrie发明了一种筛查方法，即只需在滤纸上滴少量全血，利用简单细菌分析测定苯丙酸水平。目前分子遗传学的进展，有更先进的技术用于新生儿筛查，使可筛查的疾病更多，如美国进行筛查的疾病超过50种。
　　标本采集
　　血标本采集部位常为婴儿足后跟，该法由Guthrie和Susi发明（1963），它简单易行，在新生儿筛查中起巨大的作用，标本不仅易采集还方便邮寄至检测中心。采集标本无副作用，不存在出血感染等问题。采血部位为足跟外侧和内侧，将血挤在试纸一侧，填满各圈，试纸如被碘、酒精、石油、胶体、粪便尿液、牛奶、油等物质污染后会影响筛查结果，温度过高或潮湿环境会降低酶活性，产生错误的结果。在试纸放入信封之前常温干燥至少3小时。血标本有时也通过足背静脉或中心置管用毛细管采集，采集方法不影响筛查结果，但从中心置管处抽血有可能将由补液中的氨基酸带入血标本，造成氨基酸筛查假阳性。总之，建议从足后跟采血。
　　采集时间
　　新生儿筛查包括了多种疾病，而每个疾病都有各自的最佳筛查时间，因此，必须强调推荐的筛查时间并不是对所有待筛查的疾病都最为理想。例如，先天性肾上腺皮质增生症的症状早在生后1周内就会出现，因此其最佳筛查时间是生后24-48小时。选择促甲状腺激素（TSH）作为筛查先天性甲状腺功能减低症的一线标志物，或是T4 之后的二线标志物，同样都使早期筛查更可信。采集标本的时间尚未统一，在欧洲和澳大利亚，常用的采集时间是生后48-72小时，而在英国则为5-8天日龄时。在美国，标本多于生后24-72小时采集。我国通常每个新生儿都在出院前或生后3天内（满60小时）进行标本采集。某些情况下筛查会有特殊的要求。如对于需要输血的患儿，应在输血前采血筛查，或输血后2月重复1次（此时供血者的红细胞己经代谢）。
　　筛查结果阳性怎么办
　　大多数筛查结果阳性并不能代表存在疾病。大多数异常值仅是稍微超过了阈值，患儿多无相关疾病。对所有筛查阳性的患儿统一进行紧急干预或一系列检查会增加家长不必要的焦虑和医疗成本。阳性筛查结果需要区别对待，当出现阳性筛查结果时，初级保健提供者可以参考个体化分类的信息卡片，根据与检测标志物相关的疾病、患病可能性、该疾病的临床表现、假阳性的影响因素以及下一步的干预措施。下一步的干预包括为不延误病情而紧急住院以完善检查治疗，或者几天后复查一次。必须尽快进行病史采集及体格检查。当未进行复查而患儿病情危重、进展迅速时，应迅速转院至相关专科进行诊治。
　　如果初步查体时小儿反应好、哭声响、喂奶完成可，未发现明显异常情况，则无需紧急处理，可待重复筛查或进行确证试验，如第二次筛查结果阳性，将患儿转诊至代谢病诊治中心。
　　漏诊
　　在新生儿筛查中，PKU患者、先天性甲状腺功能减退患者和其它疾病都有漏诊情况。实验室和机构的错误为最常见的漏诊原因。有些情况下，则是由于新生儿转诊至其它医院导致遗漏标本。有些是因为实验室未进行质控，所以临床医生要根据临床情况，不能因为默认已筛查而排除诊断。对于代谢性及内分泌性疾病，无论筛查结果如何，只要存在症状就应进行确诊试验。