遗传因素（基因突变）、理化因素（暴露于除草剂、灭鼠剂、三氯乙烯、三氯甲烷、放射线、可吸入颗粒物、PM10、二氧化氮、一氧化碳、臭氧）、娠期不良生活习惯如酗酒、吸烟与被动吸烟、生物因素（孕早期病毒感染例如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、柯萨奇病毒和微小病毒）、药物因素（抗癫痫药物、抗抑郁药物、血管紧张素转化酶抑制剂）、心理和疾病因素（母亲在妊娠期受到极度的精神刺激或长时间刺激也可致胚胎心脏发育异常）。